今までに聞いた経験した一般的なお話になりますが、メーカーや販売店によって違うようです。
違法改造については、改造箇所と関係ない不具合でも、保証はないと考えていいでしょう。
機関、機能的に全くの問題が無ければ、対応してくれているようです。